追記: AssetBundleManagerの配布は終了しましたUnity記事: 目次

１．AssetBundleManagerを導入する

https://www.assetstore.unity3d.com/jp/#!/content/45836

２．オブジェクトにAssetBundleタグを指定する

Inspector下部で指定できる
例えばSceneオブジェクトならscenesというタグを指定する

３．AssetBundlesをビルドする

メニューバーのAssets>AssetBundles>Build AssetBundlesを選択
これによりプロジェクトの保存先にAssetBundlesフォルダが生成される

４．AssetBundlesフォルダを自前のサーバーにアップロードする

５．サーバー上のAssetBundlesフォルダのURLを記述する

Assetsフォルダ>AssetBundleManager>Resources>AssetBundleServerURLを編集
http://YOUR_WEB_SERVER/AssetBundles/

６．AssetBundles内のオブジェクトをコードで呼び出して使用する

参考：https://docs.unity3d.com/Manual/AssetBundles-Manager.html